הסיבה האמיתית מאחורי מדפי הקוטג' הריקים ברשתות השיווק נחשפת, והיא קשורה פחות לפרות ברפתות ויותר למצב הביטחוני והגיאופוליטי המורכב שבו נמצאת ישראל. בעוד הצרכנים ברחבי הארץ מדווחים על קושי ממשי למצוא את מוצר היסוד הפופולרי כבר משעות הצוהריים, לאחר שבבור מגיעה האספקה ונעלמת תוך כמה שעות, מתברר כי מאחורי הקלעים מתחוללת דרמה שמשתקת חלק מרכזי ממערך ההפצה של חברת תנובה.

לא מדובר בבעיית ייצור שגרתית, אלא בכשל מתמשך במערכת הבקרה הטכנולוגית של המחסן האוטומטי במחלבת אלון תבור. המערכת הממוחשבת, המהווה את ה"מוח" המרכזי שאחראי על ניתוב ושינוע משטחי הסחורה החוצה אל משאיות האספקה, הושבתה חלקית. מכיוון שהמערכת פותחה ומנוהלת על ידי ענקית הלוגיסטיקה האמריקאית Dematic, תיקונה מחייב הגעה פיזית של מהנדסים וטכנאים מומחים מחו"ל – אלא שאלו מסרבים באופן גורף להגיע לישראל בשל המצב הביטחוני.
ההשבתה הממושכת, שנמשכת כבר למעלה מחודש ימים, אילצה את עובדי המחלבה לעבור לשינוע ידני של המשטחים, אולם פתרון זה אינו מסוגל להדביק את קצב העבודה הנדרש. כתוצאה מכך, כחצי מכמות התוצרת שאמורה להגיע לחנויות נותרת תקועה במפעל, וברשתות השיווק מדווחים על אספקה חלקית בלבד של הזמנות הקוטג' והיוגורטים, דבר המאלץ את החנויות להפעיל מנגנון של הקצאות מבוקרות.
למשבר הלוגיסטי הזה מצטרף אפקט מתגלגל של חודשי המלחמה האחרונים. במחלבות מסבירים כי המתיחות הביטחונית מול איראן הובילה לביטול המוני של טיסות ויציאות של ישראלים לחו"ל במהלך חגי הפסח והשבועות. הישארותם של מאות אלפי אזרחים בארץ תורגמה ישירות לזינוק של כמעט 4% במכירות הכמותיות של מוצרי החלב מתחילת השנה, על פי נתוני סטורנקסט. ביקוש חריג זה כילה את המלאים שתוכננו חודשים מראש, ומאז שוק החלב נמצא במרדף מתמיד אחרי הביקושים.
האבסורד הגדול עבור הצרכן הישראלי הוא שהמחסור הנוכחי מגיע לאחר רצף של התייקרויות חדות, כולל עלייה של כ-4.8% במוצרים הלא-מפוקחים רק במאי האחרון. למרות שדווקא החודש נרשמה ירידה של 5% במחיר החלב הגולמי (מחיר המטרה), מנגנון העדכון האוטומטי של המדינה ישאיר את המחיר לצרכן ברמתו הגבוהה לפחות עד חודש נובמבר הקרוב.